В конце-концов установить полностью и правильно мне не удалось. Не могу припомнить причину. Но помню что ошибка шла уже после загрузки GRUB. Не думаю, что причина в VirtualBox, скорее, я сам чего-то не доглядел.
Несмотря на неудачу, я много что понял в установке Gentoo. Решил ставить уже непосредственно на жесткий диск.