При ручном использовании оверлеев (без layman) emerge может давать такое предупреждение:

WARNING: One or more repositories have missing repo_name entries:

/usr/local/portage/profiles/repo_name

NOTE: Each repo_name entry should be a plain text file containing a

unique name for the repository on the first line.

Чтобы избавиться от предупреждения, создается каталог

mkdir -p /usr/portage/local/profiles

…и файл с каким-нибудь именем:

echo "MyLocalOverlayName" > /usr/portage/local/profiles/repo_name